ازمهمترین اهداف نظام آموزش و پرورش استثنایی می توان به این 4 هدف اشاره کرد:

1- جبران ناتوانی های فیزیکی و ذهنی کودکان ناتوان از طریق طراحی سیستم آموزش و پرورش و برنامه های توانبخشی در جهت نوسامانی موقعیت اقتصادی و اجتماعی کودکان استثنایی.

2- تغییر و اصلاح سیاست های آموزش استثنایی با توجه به آخرین متدهای جهانی مطابق با نیازهای کودکان ناتوان در شرایط خاص و محیط زندگی آنان.

3- تشکیل گروههای متفاوت آموزشی از کودکان و دانش آموزان ناتوان با توجه به نیاز آنها به آموزشهای خاص، درنظرگرفتن نیازهای هرگروه در پیش دبستانی و دبستان و راهنمایی و دبیرستان و تأکید بر آموزش حرفه ای و تلاش برای نام نویسی تمام کودکان که نیازهای خاص دارند.

4- مشارکت در پیشگیری ازناتوانی های جسمی وذهنی مادرزادی،عقب ماندگی های حین و پس از زایمان کودکان ازطریق بالابردن آگاهی عمومی ومعرفی عوامل مسبب ناتوانی های مذکوردرکودکان.